Mit  guten IPL-Geräten können keine dauerhaften Schäden hervorgerufen werden. Es kann bei falscher Anwendung zu vorübergehenden oberflächlichen Verbrennung oder Pigmentverschiebungen kommen. Da das IPL-Licht nicht mit hoher Energie in tiefere Hautschichten (Basalzellenschich) wo Zellen neu gebildet werden reicht, kann es nicht zu dauerhaften Schäden kommen.
Muttermahle werden vor der Behandlung abgedeckt, so dass hier keine Beeinflussung stattfinden kann.
Es wurden bisher keine Langzeitschäden beobachtet. Durch eine entsprechende Filterung, weiß man genau welcher Strahlungsbereich auf die Haut trifft. Es dürfen nur Frequenzen verwendet werden, die unbedenklich sind.
IPL hat richtig angewandt sogar viele positive Wirkungen auf die  Haut (siehe: Welche positiven Wirkungen hat IPL auf die Haut)